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ミサイルを撃ち込んだ後、自由の女神は倒れ、辺りはジェル状の物で覆い尽くされていた。
それを見た２人は動いた。
艦長は、喜んですぐに戻る様に言ったが、アヤとアレルヤは、これで終わりではない事を知っていた。
あのイヴの事。これで死ぬはずがないと感じていたのだ。
「先に降りるわ！」
と、アヤがパラシュートで降りると、アレルヤは翼を羽ばたかせて、降りた。
やはり、一部から光の穴が出て来て、それが数を増やし、ついには、長い手の様な物が出て来て、かなり長い。

更に、その後から、イヴの体が出て来た。
あの腕の様な物が頭で、腕は人間のようだが、途中から異様な形になっており、更に下半身も、腕や触手の様な物がくっついていて、おなかの部分が膨れていた。

そして、イヴは更に奇妙なほどに落ち着いており、ニヤリと笑みまで浮かべていたのだ。

空母にいた艦長が、戻る様に言うのだが、もう、その声は、アヤの耳には入っていない。
「アヤ。深追いは禁物だ。すぐに戻れ。ここは一旦引いて、態勢を立て直さなければ、君に勝機はないぞ！」
「アヤさん！　お願いです。渡す物が……」
前田が言うが、艦長は通信を切った。
「無駄だよ。彼女は通信を切ってしまった」
「アヤさん。どうか無事で！」
と、前田は彼女の無事を祈っていた。

一方イヴに対峙した２人に対し、話し始めた。
「やはり、お前だったか」
「マヤ……」
「フ……私の寄生していた人間……お前の姉の名か……」
「そうよ。それと、ハレルヤを返しなさい！」
「フン。あの者は自ら私の元に来たのだぞ？　俺の力を使えと言ってな」
イヴは得意げに話すが、アレルヤは、
「そう。確かにあの時言った。これ以上の犠牲は出さない。そういう理由でハレルヤは君、イヤお前と融合したんだ！　それなのに今度は、どうしてあんなひどい事を！　これじゃ約束が違う！　ハレルヤはどこだ！？」
「フン！　あ奴等無しでは戦えぬ人間が、今度はそれを取り戻そうというのか？　戦闘の時は、引っ込んで出来ないくせに」
「それは僕も、悪かったと思ってる。ずっと前からそうだった。僕が出来ない事を、ハレルヤにさせていた。でも、そうするしかなかった。でも、今度は違う。僕の意思で、彼を助ける！」
「フン！　もうお前の体は、後数時間すら残っていないのだぞ？　そんな体でどう戦うのだ？　それとそっちの女。お前は何故、そこまで人間に固執する？　お前も進化の形態こそ、私と違えど、ミトコンドリアなのだぞ？」
そんなイヴの言葉に、彼女はキッパリと言った。
「いいえ。私は人間……私のミトコンドリアは、私の核と共存している！　人間を駆逐してまで、ミトコンドリアの世界を創ろうとはしていない！」
彼女は銃を構え、アレルヤも戦闘態勢に入る。
「ほ～そこの男は、ついにミトコンドリアを武器に出来る様になったか。更に、は翼を持っている。さっきも言ったが、お前はナゼ人間側に着く？　ハレルヤの記憶を探らせてもらったが、お前は人間ではない化け者ではないか。体中や脳みそを戦闘用に開発された、完全に超兵を生み出すだけの為に造られた人間の不完全体だ。この世界では生きる事はつらいはず。なのになぜお前は……」
「バシュー！！」
という音共に、アレルヤは腕の前に出していた。
アレルヤが撃ったのだ。
「ほ～。自分の半身が私と共にいるのを知っていて撃つとは、身の程知らずめ。今度こそ、そこの女と一緒に始末してやる！」

そして、闘いは始まった。
アヤは、ミトコンドリアの力を使って戦う。
「アヤさんそれ……」
「私は良いから、あなたは、ハレルヤ君を捜しなさい！　イヴの気を引き付けておくから、急いで！！」
「は、はい……大丈夫。僕はハレルヤと、ずっと一緒に歩んできた。大丈夫。彼の気持ちが分かる。大丈夫。ハレルヤ返事をしておくれ。どこにいるんだ？」
アレルヤは、新しい技の１つである、サーチが使える様になっていたのだ。

そして、ついにハレルヤの居場所が分かった。

だが、それはイヴの体の中だ。
「アヤさんが　頑張ってくれている。ならば、僕だって頑張らないといけない。ハレルヤ待ってて。今行くから！！」

アレルヤは、イヴの体に、腕から触手を伸ばすと、それは鋭い刃になって、突き刺さり、それを彼は思い切り縮めると、一気に体の中へ突入した。

体の中は、ジェル状になっていた。

でも、アレルヤの心は、ハレルヤの心の位置をシッカリ記憶していた。
「ハレルヤ！　いた！　ハレルヤ！　ハレルヤ！」
彼が必死に呼びかけると、わずかに瞼が動いた。
（ウ、ウウ……アア……）
「ハレルヤ。今まで、苦しい思いをさせてゴメン。迎えに来たよ。一緒にここから出よう。ね」
（アレ、ルヤ……お、まえ……ウ！）
「大丈夫。今ここから出よう」
ハレルヤとアレルヤの体が光り輝き、イヴの体からアレルヤが出て来ると、アヤは、彼に近づこうとする時、下半身の手がアヤを捕まえ、電撃を流した。
「アアアアアアアア！！！」
「アヤさん！　この卑怯者！　もう、赦さない！」
彼のミトコンドリアが激しく動き回り、彼の羽が増え、全部で６枚になり、更に爪が太くなり、もう片方の手は、自在に砲台変える事まで出来る様になっていた。
「もう僕、イヤ僕達は、１人の人間だ！」
その気持ちに答えるかのように、髪が変異し、ついに２つの目が輝きを取り戻していた。
「ハレルヤ、アレルヤ」
「くっ！　ちょっと強くなったぐらいで、私にたてつくつもりか！！」
彼女はアヤを人質にしようとするが、アレルヤの動きの方が早く、アヤを救出すると、彼女に言う。
（下は任せた。俺は上に行く。良いな！）
嬉しそうに言う彼に、アヤは言った。
「分かった。気を付けて！」
（任せな）
「クウウウウウウウウウ！！！　どいつもこいつも～～～～～～～～！！！」
完全に切れたイヴは、あちこちに攻撃し始め、アレルヤを捕まえようとした、まさにその時、
「バシュー！！」
と突然粒子ビームが、頭の半分を消した。
「ウアアアアアア！！！」
「まさか！？」
彼が見ると、遠い所から、ヴァーチェとエクシアに支えられた、ロックオンストラストの駆る、デュナメスでの超高度のスナイプを可能にした物を使い、攻撃したのだ。

これは、以前に低軌道ステーションでの事故の時に使った物を、まっすぐにして支えていたのだ。
「一体誰が……」
「バシュー！！」
そしてもう一発が当たり、イヴを戦闘不能に陥らせる事には成功した。

彼女は怒り、すぐにその場所を特定しようとすると、３体のガンダムのＧＮ粒子を前面に展開させて、分からないようにするが、これ以上は危険と考えたスメラギは、ガンダムに海に潜って、姿を消した。

そうした理由は、空からだと、軍に見つかる可能性と、イヴの攻撃が当たった時の可能性を踏まえての事だった。

その知らせを聞いたグラハムは早速フラッグで攻撃に出るが、既にガンダムは立ち去った後だった。
「クッソー！！！　私の、私のガンダム！　何故私を無視するような事を～～～～！！！」
グラハムが全く違う事で怒っていると、刹那、ロックオン、ティエリアが、
「ハックション！」
と、くしゃみを２回していた。
「風邪ひいたかな～？」
「ダレカノウワサ？　ダレカノウワサ？」
「ハハ。かもな。後は頼むぜ。２人共。ロックオンは祈っていた」

そんな中、まさかガンダムに攻撃されるとは思ってなかったイヴは怒り、すぐさまミトコンドリアで再生し、元の姿までとはいかないが、回復していた。
「回復する！？」
「ガンダムからの攻撃で、我を忘れてる。倒すなら今よ！」
「了解！」
そして、下をアヤが攻撃するが、さっきまで下の触手になかったトゲが出来ていた。
「トゲ？　さっきまでなかったのに」
「フフフフ。ミトコンドリアも学習する。こ～んな風にな！」
イヴがアヤを捕まえ、思い切り電撃を放ち、あげく棘のある触手で毒を送り込み、彼女の意識がなくなるまで続けようとしたが、
するとアレルヤは掌を鋭い剣に変えてそこを切り、彼女を救出すると、回復させ、毒を消した。
「う！」
「大丈夫？」
「アレ、ルヤ……逃げ、て……イヴ……！」
と、イヴの次の攻撃を来るより先にハレルヤは上空へ飛び、そこから今度は砲台に変えて放った。

だが、彼は気づく事が出来なかった。

自分の命を削る度に、心臓が傷んでいた事に……

でも、彼はそれでも頑張り続けた。
ハレルヤの反射。そして、アレルヤの思考が１つになり、それが大きな力となっていたのだ。

そしてアレルヤの髪が伸び、更には６枚に増えた翼が不可能な事を可能にしていた。

２人は戦い方を覚えて、戦っていく。

それからどれ位経っただろうか？
アヤの体力と、アレルヤの体が限界に近く、かなり足もガクガクしていた、
それを知ったイヴは、突然アレルヤを捕まえた。