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第一話から第六話までのあらすじ

今年の春、鹿賀見中学校に入学した笹倉錬と青澄隆樹は腐れ縁であり友人。
入学して間もないある日、生徒手帳を落とし大慌て。
見つからないまま、なんと台風が町を直撃。学校は途中から休校になった。
その帰り道、隆樹が何者かに襲われ、そして錬も…

気が付けば、昔夢で見た風景。自分の両側に、それぞれ別の世界がある不思議な空間。
その片方で、倒れているはずの隆樹が歩いているところを目撃。
手を伸ばした瞬間、錬は異世界へと引きずり込まれてしまう。

目が覚めたら、そこには銃を持った隆樹と長い刀を持ったクラスメート、栃乃の姿が。
その隆樹のところに、すぐに鹿賀見高校に集合せよという指令が入る。
行けば、そこには‘核’と呼ばれる軍の一員が集まっていた。
なんと隆樹も、その一員だった。
‘核’の目的はセグという組織を倒すこと。

状況がよくわかっていない錬は、ほぼ強制的に‘核’の仮の一員となってしまう。
そして、またも指令が。内容は、小学校に侵入したセグの撃退だった。
隆樹たちが冷静なのに対して、錬は焦っていた。
苦戦していたところを、他の仲間に助けられ、任務完了。

その直後、‘核’のもう一人の一員が姿を現す——