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　自分たちが幸せになれば他人やポケモンはどうでも良いという考えを持つ組織
　原作では科学者のコレア、アケビ、モミジ、バラが登場していたが、本作には登場せず、代わりにキリ、ラージ、スティーブ、ブレイクという男性科学者が登場しており、メガシンカを使ってくる。尚、この4人にはモデルがいる

　キリ >>
フレア団科学者の一人。四人の中でリーダー的存在。真面目過ぎて融通が利かない時もある。アクの強い三人を纏めるのに苦労している。3人からは「リーダー」と呼ばれている。無表情かつ無感情な声で一人称は「俺」だが、女王やボスの前では「私」
手持ちポケモン……ハッサム

　ラージ >>
フレア団科学者の一人。かなりの悪戯好きで末っ子的存在。フードで顔を覆っている為、唯一素顔が見えていない。ムードメーカーかつ殺人鬼。カルムのピカチュウに目を付けている
手持ちポケモン……ジュペッタ

　スティーブ >>
フレア団科学者の一人。好奇心旺盛で珍しいものにはとことん追及する。自らの欲が満たされる為にはポケモンを犠牲にしても構わないという思考を持つ。ラージには「スターリーちゃん」と呼ばれている。子供嫌いだが殺しは「しない」
手持ちポケモン……フーディン

　ブレイク >>
フレア団科学者の一人。短気で負けず嫌い。キリとは張り合うことが多く、ラージに弄られることもある。ラージには「ブレッド」と呼ばれている。戦闘狂で、キリの命令を背いてポケモンや人間を殺めることがある
手持ちポケモン……バンギラス

　クセロシキ
フレア団科学者の一人。「〜ゾ」が語尾
手持ちポケモン……クロバット、カラマネロ

　エカルラート>>
「女王」から「息子」と呼ばれている。カルムとよく似た顔立ちを持つ少年。ディアンシーの捜索任務を与えられ、ディアンシーと遭遇するが……
手持ちポケモン……？？？

　？？？
フレア団の幹部。キリ、ラージ、スティーブ、ブレイクにディアンシーの捜索任務を与える。キリたちからには「女王」と呼ばれている。躊躇なく人やポケモンを殺めることの出来る残酷さを持つ。エカルラートを「息子」と呼ぶが……
手持ちポケモン……カエンジシ(♀)、ファイアロー、シャンデラ

　？？？
フレア団のボス。愛称「メガアデク」または「メガカエンジシ」。クソコラ素材にされたり、戦闘！チャンピオンアイリスの音楽に合わせて首を回されたり、ポケバンクでは大勝利したり、ネタキャラにされている
手持ちポケモン……ドンカラス、コジョンド、カエンジシ(♂)、ギャラドス